Bei der Genregulation durch Endproduktrepression aktiviert das Endprodukt einen Repressor und unterdrückt somit die Transkription der Strukturgene.

Ein Beispiel für die Genregulation durch Endproduktrepression ist die Tryptophan-Synthese bei E. coli-Bakterien.

Die Strukturgene des Tryptophan-Operons codieren für Enzyme, die für die Synthese der Aminosäure Tryptophan notwendig sind. Je mehr Tryptophan hergestellt ist, desto stärker wird die Synthese dieser Enzyme unterdrückt.

Das Endprodukt der Reaktionen, Tryptophan, unterdrückt also die Synthese der Enzyme, die zu seiner Herstellung gebraucht werden. Struktur-, Regulator- und Operatorgene haben bei der Endproduktrepression prinzipiell die gleiche Funktion wie bei der Substratinduktion. Der Unterschied ist, dass der Repressor zunächst inaktiv ist. Erst durch die Verbindung mit Tryptophan wird er aktiviert und kann sich an den Operator anlagern. So hemmt er die Transkription der Strukturgene. Sinkt die Konzentration von Tryptophan in der Zelle, trennen sich Repressor und Tryptophan, die Transkription kann wieder stattfinden.